歐盟委員會專門制定水產品投放市場的衛生條件的規定（91/493/EC指令），而且要求向歐盟市場輸出水產品的加工企業必須獲得歐盟注冊。

歐盟對進口水產品質量和衛生要求越來越嚴，而且必須從原料生產開始，保證生產過程的各個環節達到質量要求，從而確保最終產品的質量，即建立一個完整的質量保證體系，全面推行HACCP制度。歐盟對進口水產品的檢查包括新鮮度化學指標、自然毒素、寄生蟲、微生物指標、環境污染的有毒化學物質和重金屬、農藥殘留、放射線等63項，其中氯霉素、呋喃西林、孔雀石綠、結晶紫、呋喃唑酮、多氯聯苯等為不得檢出；六六六、DDT、組胺、麻痹貝類毒素等有嚴格的限量指標，而且有越來越嚴格的趨勢。按照歐盟2001/466/ec指令要求，魚中鎘、汞、鉛的最大殘留限量由原來1000ppm分別改為50ppm、500ppm和200ppm。對致病菌，細菌總數要求控制在5×105個/g（30℃），其中沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、單胞增生李斯特菌、霍亂弧菌、副溶血性弧菌、大腸桿菌為不得檢出。