近日，中國科學院海洋研究所在銀鯧基因組學研究方面取得新進展，首次發(fā)布了我國重要名貴經濟魚類——銀鯧的高質量染色體水平參考基因組，相關研究成果在《自然》子刊《科學數據》在線發(fā)表。

銀鯧隸屬鯧亞目、鯧科、鯧屬，廣泛分布于西北太平洋近岸海域，從我國南海北部至日本、韓國和俄羅斯沿海均有分布。銀鯧肉質細膩，油脂豐富，是我國重要漁業(yè)經濟魚類，具有極高的經濟價值。

7個有效鯧屬物種的全球分布   海洋研究所供圖

銀鯧的供應高度依賴于漁業(yè)捕撈，自上世紀80年代起，我國海洋捕撈強度不斷增大，近些年，以銀鯧為主的鯧屬魚類年捕撈量已超過30萬噸，導致銀鯧面臨野生資源極具衰退的風險。

目前，我國銀鯧人工繁育與養(yǎng)殖技術取得突破性進展，對銀鯧野生資源保護和恢復具有重要意義。然而，銀鯧對環(huán)境變化極為敏感，在運輸和養(yǎng)殖過程中容易發(fā)生應激死亡，制約了銀鯧養(yǎng)殖產業(yè)的發(fā)展。此外，銀鯧形態(tài)特化，身體極為側扁，無腹鰭，食道前部具有特殊的食道側囊結構，為鯧亞目特有的關鍵演化特征，是銀鯧適應捕食小型甲殼動物和水母的重要性狀。

此前，海洋研究所研究員劉靜團隊基于鯧屬全球線粒體基因組數據以及形態(tài)和分布特征，首次明確了世界鯧屬物種多樣性和地理分布格局形成與演化歷程。研究結果表明，目前，世界鯧屬存在7個有效物種，即：銀鯧、中國鯧、灰鯧、劉氏鯧、珍鯧、翎鯧和素鯧。而過去文獻中報道的鐮鯧則為銀鯧的同物異名。

銀鯧染色體水平基因組特征   海洋研究所供圖

在以前研究基礎上，研究團隊綜合采用相關測序技術對銀鯧基因組進行了深度測序和組裝，在國際上首次獲得了銀鯧的高質量染色體水平參考基因組，得到銀鯧24條染色體單體序列，精確揭示了銀鯧基因組大小為518.06兆堿基對，組裝完成的基因組Contig N50長度達20.47兆堿基對，Scaffold N50長度達22.86兆堿基對，基因組完整度極高，達到染色體水平級別。重復序列占基因組的13.45%，獲得了24,696個蛋白編碼基因，基因組完成性指標BUSCO評估值高達98.90%。該研究成果為深入解析銀鯧食道側囊和腹鰭缺失性狀演化、種質遺傳資源評估、抗逆品種選育及銀鯧漁業(yè)資源可持續(xù)利用等研究提供高質量參考基因組基礎。

該研究得到國家自然科學基金項目和中國科學院B類戰(zhàn)略性先導科技專項資助。

論文相關信息：https://doi.org/10.1038/s41597-024-03070-0