目前墨西哥的漁業領導機構是農業農村畜牧漁業食品部，該部門負責制定和實行漁業發展計劃。其它與漁業直接相關的兩個機構是全國漁業委員會和國家水產研究院。這兩個機構為漁業生產提供行政指導和科學技術上的支持。

農業農村畜牧漁業食品部包括許多辦公室和執行機構。2001年后，該部門負責漁業水產的立法工作。其主要職能范圍包括：確定適漁地區和水域，管理魚種引進，推動水產業的發展。

全國漁業水產委員會成立于2001年，是農業農村畜牧漁業食品部的執行機構，負責漁業水生資源的可持續開發和利用的管理、協調和政策實施。國家水產研究院也是農業農村畜牧漁業食品部的執行機構，主要進行水產技術的科研，并就漁業資源的保護、增殖、魚種的培育等問題提出科學建議，支持漁業委員會的工作。國家水產研究院編制全國水產圖譜并每年進行更新，記載墨西哥境內水體中的所有漁業資源。

農業農村畜牧漁業食品部已經編制了部門計劃（2001－2006）以實現漁業水產資源的可持續利用，取得最大的經濟和社會效益；該計劃還將積極推進漁業水產活動的立法工作。