菲律賓海岸線長18533公里，共有7107個島嶼，島嶼面積占全國土地總面積的3/4以上。在菲律賓群島，有名稱的魚類品種就達2400多種，菲律賓媒體經常報道菲律賓沿海島嶼發現新的海洋物種。因此有關方面的科學家建議菲政府對一些海島加強保護。

實際上，菲律賓20世紀70年代在蘇米龍和阿波島上已經開展了海洋保護和礁漁業管理計劃。開始時并不起眼，然而目前有這兩個島嶼提供的證據證明，由地方社區保護和管理的禁漁保護區，能在生物多樣性保護和漁業管理方面發揮關鍵的作用?，F在，菲地方政府與中央政府共同管理離岸15公里之內的海洋資源。

菲律賓現在的漁業行政管理機構是漁業和水生資源局，隸屬于農業部管轄。該局有對國家的魚類和水產資源的管理、保護、發展、使用和分配有法律權限和責任，但都市水域由有關的行政和城市政府部門負責。在行政區中心的魚柵和藻類養殖由漁業和水生資源局負責。所有的行政和城市章程和決定中，凡是影響漁場的，都提交自然資源部長審核，只有在得到通過的情況下，才可以生效，漁業和水生資源局有權調整監督魚類和水產品的生產、捕撈和收集。為提高漁業產業水平，該局負責安排特殊技術援助和訓練計劃，并為漁業教育研究和教學活動提供援助，還負責維護和管理漁船。

為了加速和推動漁業的整體發展，并且同時通過有效地保護漁業資源使海洋保持一個良好的生產狀態，菲律賓還專門成立了漁業產業發展委員會。該委員會的職能為國家的魚類和海產品資源的管理、保護、保存和使用制定和建立綜合的政策指導方針，從而為捕撈業的發展建立一個健康的投資環境，委員會特為制定政策而詳細比較和審核各種數據和信息。該委員會的委員機構有菲律賓中央銀行、國防部、農業部、公共設施、交通和通訊部等。

菲律賓第一部綜合性且具詳細條文的漁業法于1932年制定，按該法將漁業劃分為商業性漁業、咸淡水養殖業和沿岸漁業，前二者為中央政府漁業局分管，后者為市縣村相應的機構承擔。菲律賓的咸淡水養殖起始于遮目魚的養殖，由于當初每個經營者的掌管水域面積很大，形成企業規模，故與商業性漁業一起劃歸中央管轄并規定從中征收漁業稅。菲律賓的漁業制度原則上很簡單，即對使用3噸以下漁船的商業性漁業規定實施由中央政府漁業局批準的漁業許可制度，但在禁漁區、禁漁期乃至漁船數的限制上均無明文的制度規定。

1987年，菲律賓從亞洲開發銀行和日本海外經濟協作基金會獲得一定的融資，開始執行1990~1994年五年期的漁業發展綱要。該綱要一度成為菲律賓漁業管理與開發的核心，沿岸漁業還從全國選了12個海灣作試點，通過漁業資源和環境調查，實施漁業管理，組織漁業者團體，設置人工魚礁，劃定漁業禁捕區，紅樹林帶植林，開展漁業調查研究，預防作業違規等項工作，大大推進了漁業管理的總體水平。

實施漁業區域利用權制度也是菲律賓漁業管理的一個重要做法。根據1975年5月公布的“菲律賓漁業法令”規定，禁止捕撈遮目魚親魚，采捕遮目魚幼魚的特權為當地市政府所有。地方政府對其沿海3海里水域和內陸水域擁有資源管理和使用權。3噸以下船只在此水域范圍內從事捕撈作業，必須由市政府發給執照，進行管理。從事圍欄養殖、建立牡蠣養殖場和遮目魚魚苗采集，必須經市政府批準，才能經營。遮目魚魚苗的出口則完全禁止。

20世紀80年代末，菲律賓糧農部依據總統頒布的法令704號第21條和漁業管理行政令第121號規定，同時頒布了外國漁船空船包租申請作業辦法。

由于長期重視加強漁業管理，使菲律賓的海洋漁業生態資源得到良好的保護。從上述保護海洋資源的政策措施中，或許我們可以了解到菲律賓海洋之所以不斷出現新生物的原因。