新西蘭漁業部（The Ministry ofFisheries）是新政府負責漁業資源的保護和合理利用，以及漁業生產監督和管理的主管部門。在漁業部指導下，有一個行業性組織------漁業產業理事會（The New Zealand Seafood Industry Council Ltd，簡稱SeaFIC）代表行業利益，對漁業捕撈、養殖、加工和貿易、零售企業進行行業協調管理，包括向政府提供行業政策、技術標準、配額數量及價格、國際貿易談判等方面的建議，制定相關規則，以及在市場拓展、配額登記和轉讓、統計、信息、管理等方面提供咨詢和服務。

新西蘭歷史上有一個保護毛利人權利的《威坦哲條約》。根據該條約的精神，在毛利人長期爭取下，新政府在1989年成立了一個毛利漁業委員會，規定新西蘭新增漁業配額的20％歸毛利人所有，由毛利人漁業委員會管理和經營。該委員會1992年更名為威坦哲條約漁業委員會（The Treaty of Waitangi Fisheries Commission，毛利文簡稱為TOKM）。目前新西蘭約1/3的商業捕撈配額在TOKM的支配之下。它負責每一年它所擁有的漁業捕撈配額的分配（發租）工作。1999年TOKM的年營業額已經達到3.24億新元，在新西蘭最大的200家企業中列第60位，資產列第36位。

新西蘭漁業捕撈具體管理體制比較復雜。所有在新西蘭海區經營商業捕撈的企業、團體或個人，都要申請捕撈許可證，進行漁船登記、捕撈作業區域登記和申領年度捕撈配額和可捕撈量。每一種魚類的可捕撈配額、配額費用等的計算都有一套公式。對非配額管理的魚種，也必須經申請獲得許可，領取每年的可捕撈量，在指定的海區進行捕撈。獲得許可進行商業性捕撈的企業，要根據協議定期報告作業情況和捕撈的數量，交納有關的費用，等等。配額和年度可捕撈量的轉讓也必須提前申請和進行登記。目前，新西蘭的商業捕魚企業和漁船的登記、配額申領或允許捕撈量、配額的轉讓等，均由一家名為商業捕魚服務有限公司（Commercial Fisheries ServicesLtd.，簡稱FishServe）的企業統一承辦。欲進行商業捕撈的公司或個人，首先要成為FishServe的注冊客戶或委托人。據稱，自1986年新西蘭漁業結構重組以后，大部分的魚貝類商業捕撈配額都被控制在少數幾家公司和機構手中，他們是Sealord Products Ltd，Sanford Limited，Talley/AMALTAL，Vela Ltd和Moana　Pacific Ltd，以及海產品工業協會（Seafood Industry Consortium）的一些主要會員。